В целях определение ключевых для биоразнообразия участков и разработки рекомендации по обеспечению сохранения глобально значимых видов биоразнообразия и усилению эффективности охраны экосистем Маркакольской части проектной территории осуществлены исследования. 

• Собраны и проанализированы имеющиеся литературные и фондовые материалы на проектную территорию, включая лесоустроительные данные, различные тематические карты (почвенная, геологическая, геоморфологическая, ландшафтная и т.п.).
• проведено полевое обследование участков «Кальжир», «Бас - Теректы», «Кабинский», «Кызылтас» и определены координаты границ каждого участка по их периметру;
• изучены почвы и почвенный покров, установлены закономерности распределния почв в ряду вертикальной поясности;
• исследовано флористическое разнообразие, выявлены места обитания редких видов, оценено современное состояние флоры и составлены систематические списки флоры высших растений,
• описаны основные типы растительности, изучено пространственное распределение растительности, проведено геоботаническое описание основных (ландшафтных) растительных сообществ определена фитоценотическая роль видов в сообществах, выявлены редкие растительные сообщества, проведена оценка степени трансформации растительности на основе специально разработанных критериев, сделано более  90 геоботанических описаний, точки которых зафиксированы на местности GPS;
• проведены ландшафтные и экосистемные исследования, включающие определение взаимосвязи рельефа, почв и растительности в ландшафтной структуре территории и на оcнове этого выделены  и описаны основные типы экосистем и проведено их полевое картирование;
• проведены исследования состояния животного мира, определены основные стации позвоночных животных и приуроченность их к определенным типам экосистем, выявлены редкие виды фауны и определено их современное состояние, оценена встречаемость промысловых видов. Проведена частичная оценка состояния ихтиофауны оз. Маркаколь и рек Ак-Каба, Кара-Каба, Арасан-Каба, Кальджир.
  
  Для официального обоснования границ  и подготовки проектных документов на расширение границ существующего и создание новых ООПТ, а также в целях повышения эффективности управления ими.  
  • Приобретен космический снимок Landsat 5 TM на проектную территорию и сделана его первичная обработка (географическая и яркостная коррекция, привязка к топографической основе).. 
  • Проведена оцифровка топографических карт на проектную территорию в программе ArcGIS 9.1., данные организованы  в ГИС – систему.
  • Разработана структура ГИС и баз данных в соответствии с рекомендациями руководства проекта.
  • Определен гербарий и составлен список флоры проектной территории, продолжаются работы по составлению списков отдельных участков.
  • На основе геоботанических описаний дана характеристика растительности и проведена типология описаний, на основе которой выявлены основные типы проектной территории. Продолжаются работы по созданию баз данных флоры и геоботанических описаний.
  • Проводены работы по анализу распределения и встречаемости видов фауны по участкам. Продолжаются работы по созданию баз данных по разным группам позвоночных животных.
  • Разработаны концепции создания картографических моделей растительности, ландшафтов, экосистем, в части согласования классификационных принципов, с целью увязки пространственного отображения объектов на тематических картах. Проводятся работы по созданию авторских макетов карт  для дальнейшей векторизации.
    Кроме того, с подрядчиком достигнута договоренность и поставлена новая задача - подготовка Естественно - научного обоснования организации ООПТ, которая не оговорена в контракте.

• Проведена актуализация паспортов и кадастровых данных  Маркакольского ГПЗ
• Проведена оценка укомплектованности и состояния основных средств – компонентов инфраструктуры, потребностей для эффективного функционирования Маркакольского ГПЗ
• Проведен анализ и оценка  существующей практики управления и функционирования Маркакольского ГПЗ.