Большая часть водоемов проектной территории относятся к Зайсан-Бухтарминскому бассейну, лишь только несколько  рек, располагающиеся на северо-западе (река Тихая и др.), относятся к бассейну реки Оби, являясь правыми притоками реки Катунь.
Но и реки Зайсан-Бухтарминского бассейна стекают с разных хребтов  в различных направлениях – Каракаба, Шет-Теректы и Орта-Теректы – в южном, р. Кальжир – в в юго-западном, р. Курчум – в западном, р. Бухтарма – в северо-западном, ввиду чего их устья располагаются в значительном – до сотен километров расстоянии. Это обстоятельство препятствует миграции рыб из одной реки в другую из-за удаленности, неоптимальных физико-химических  условий воды и наличия естественных врагов и конкурентов в основных связующих водоемах – оз. Зайсан и Бухтарминском водохранилище. Учитывая также, что горный характер рек проектной территории и наличие в них перекатов и водопадов, способствуют тому, что обитатели разных рек и даже внутри одной реки, рыбы разных ее участков, изолированы друг от друга или слабо взаимосвязаны, то и запасы одних и тех же видов разорваны. И вполне обоснованно можно говорить, что в целях сохранения и устойчивого использования биоразнообразия рыб, мы должны говорить о разных запасах того или другого вида в той или иной реке. К примеру, запас хариуса в р. Кальжир не зависит от состояния запаса хариуса в р. Каракаба.